河南省微波遥感及资源环境监测关键技术工程研究中心实现主任负责制，其机构设置及各机构职责如下：

财务管理中心：工程研究中心实行独立核算，由财务管理中心安排专人负责。

人力资源管理中心：工程研究会中心实行相对独立的人事管理，并制定相应的人事制度，由人力资源中心安排专人负责。

办公室：负责中心的日常接待、后勤管理、会议管理、网络管理、制度执行等。

科研平台管理处：具体负责以工程研究中心为载体，相关部门为主管单位设立的科研平台的日常管理、科研项目申报、实施、平台运营、验收等。

科研合作管理办公室：主要接受科研院所、行业企业联合开发科研项目及中心科研项目外包。

中试基地办公室：主要负责联系、实施科研成果中试工作。

成果推广办公室：负责成熟科研成果在行业企业内推广应用。

研究开发部：负责工程研究中心的研究开发工作。